Si eres empresario o trabajas en el área de recursos humanos, seguramente te has preguntado cuantos días de incapacidad paga la empresa cuando un empleado se enferma. Esta es una duda frecuente que genera confusión y puede derivar en errores costosos si no se maneja correctamente. En esta guía te explicamos paso a paso todo lo que necesitas saber sobre el pago de incapacidades en Colombia, quién asume los costos y cómo evitar sanciones.
¿Qué es una Incapacidad Laboral y por Qué es Importante?.
Una incapacidad laboral es el período durante el cual un trabajador no puede desempeñar sus funciones debido a una enfermedad o accidente. Durante este tiempo, el empleado tiene derecho a recibir un auxilio económico que le permita cubrir sus necesidades básicas mientras se recupera.
Para las empresas, entender cuantos días de incapacidad paga la empresa es crucial porque:
- Evitas pagar costos que corresponden a otras entidades como la EPS o ARL
- Previenes sanciones por incumplimiento normativo
- Gestionas correctamente el flujo de caja al saber cuándo puedes solicitar reembolsos
- Mantienes transparencia con tus empleados sobre sus derechos
Cuántos Días de Incapacidad Paga la Empresa: La Respuesta Directa.
La pregunta sobre cuantos días de incapacidad paga la empresa tiene una respuesta clara según la normativa colombiana: la empresa paga únicamente los primeros 2 días de incapacidad cuando se trata de una enfermedad general o accidente no laboral.
Esta obligación está establecida en el Decreto 2943 de 2013, que modificó el parágrafo 1 del artículo 40 del Decreto 1406 de 1999. Específicamente, el parágrafo 1 del artículo 3.2.1.10 del Decreto 780 de 2016 establece:
«En el Sistema General de Seguridad Social en Salud serán a cargo de los respectivos empleadores las prestaciones económicas correspondientes a los dos (2) primeros días de incapacidad originada por enfermedad general y de las Entidades Promotoras de Salud a partir del tercer (3) día.»
¿Cuánto Debe Pagar la Empresa por Esos 2 Días?
Cuando hablamos de cuantos días de incapacidad paga la empresa, también debemos aclarar el monto. El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo establece que el empleador debe pagar el 66.67% del salario (equivalente a dos terceras partes) por esos dos primeros días.
Sin embargo, existe una condición importante según la Sentencia C-543/07 de la Corte Constitucional: el pago nunca puede ser inferior al salario mínimo legal vigente. Esto significa que:
- Si el trabajador gana más del mínimo: se paga el 66.67% del salario
- Si el resultado es menor al salario mínimo diario: se debe pagar el equivalente al salario mínimo por día
Tipos de Incapacidad: ¿Cuándo la Empresa Paga y Cuándo No?
Para entender completamente cuantos días de incapacidad paga la empresa, debemos diferenciar entre los dos tipos principales de incapacidad:
1. Incapacidad de Origen Común (Enfermedad General)
Este tipo de incapacidad ocurre por enfermedades o accidentes que NO están relacionados con el trabajo. Por ejemplo:
- Gripe, gastroenteritis o infecciones virales
- Lesiones deportivas en tiempo libre
- Cirugías programadas no relacionadas con el trabajo
- Accidentes de tránsito fuera del horario laboral
Cuántos días paga la empresa: Los primeros 2 días al 66.67% del salario
Quién paga después:
- Días 3 a 90: La EPS paga el 66.67% del salario
- Días 91 a 180: La EPS paga el 50% del salario
- Día 181 en adelante: El Fondo de Pensiones asume el pago (si hay concepto favorable de rehabilitación)
2. Incapacidad de Origen Laboral (Accidente de Trabajo o Enfermedad Profesional).
Esta incapacidad se origina por accidentes ocurridos durante el trabajo o enfermedades relacionadas directamente con las funciones laborales. Ejemplos:
- Caídas en instalaciones de la empresa
- Lesiones operando maquinaria
- Enfermedades causadas por exposición a químicos o condiciones laborales
- Síndrome del túnel carpiano en trabajadores de oficina
Cuántos días paga la empresa: NINGUNO. La ARL asume el pago desde el primer día al 100% del salario.
Esto es fundamental para entender cuantos días de incapacidad paga la empresa: en accidentes laborales, la empresa NO paga días de incapacidad directamente, pero sí debe adelantar el pago al trabajador para luego cobrarlo a la ARL.
¿Cómo Gestionar el Pago de los 2 Días que Corresponden a la Empresa?
Ahora que sabes cuantos días de incapacidad paga la empresa, aquí te explicamos el procedimiento correcto:
El Trabajador Reporta la Incapacidad (Paso 1)
El empleado debe:
- Informar inmediatamente a la empresa sobre su enfermedad o accidente
- Entregar el certificado de incapacidad expedido por el médico de la EPS
- Hacerlo dentro de las 48 horas siguientes a la consulta médica
En Colombia, no reportar una incapacidad puede considerarse una justa causa de terminación del contrato laboral, especialmente cuando la ausencia afecta la operación de la empresa. El Artículo 60 del Código Sustantivo del Trabajo establece que el trabajador no puede faltar sin causa válida, como lo explica esta guía oficial del Ministerio de Trabajo sobre ausencias laborales.
Asimismo, el Artículo 62 del CST considera justa causa la inejecución injustificada de las obligaciones laborales, tal como se detalla en este análisis especializado sobre causales de despido con soporte legal.
La doctrina también indica que la falta de reporte puede interpretarse como abandono del cargo, lo cual habilita la terminación, según esta referencia jurídica sobre abandono del puesto de trabajo. Además, cuando la incapacidad supera los 180 días, el proceso de terminación se regula conforme al Decreto 2351 de 1965, explicado en esta fuente normativa oficial.
La Empresa Verifica la Información (Paso 2)
Recursos Humanos debe:
- Confirmar que la incapacidad esté expedida por un médico adscrito a la EPS del trabajador
- Verificar las fechas y el número de días de incapacidad
- Determinar si se trata de origen común o laboral
La Empresa Paga los Primeros 2 Días (Paso 3)
Sobre cuantos días de incapacidad paga la empresa, recuerda:
- Pagar el 66.67% del salario diario (o el mínimo si aplica)
- Incluir este pago en la nómina del período correspondiente
- No descontar estos días del salario del trabajador
Cálculo Práctico
Ejemplo: Un trabajador con salario de $2.000.000 mensuales
- Salario diario: $2.000.000 / 30 = $66.667
- 66.67% del salario diario: $66.667 × 0.6667 = $44.445 por día
- Total por 2 días que paga la empresa: $88.890
Radicar la Incapacidad ante la EPS (Paso 4)
Según el artículo 142 del Decreto 019 de 2012:
- El empleador (no el trabajador) debe radicar la incapacidad ante la EPS
- Debe hacerlo dentro de los 15 días hábiles siguientes a la expedición
- Adjuntar el certificado original y documentos de soporte
Solicitar Reembolso a la EPS (Paso 5)
Después de pagar al trabajador, la empresa puede:
- Solicitar el reembolso a la EPS de los días que ella debe cubrir (día 3 en adelante)
- Descontar el valor pagado de las próximas cotizaciones a la EPS
- El plazo para solicitar reembolso es de 3 años según la Ley 1438 de 2011
Errores Comunes que Cometen las Empresas al Pagar Incapacidades.
Conocer cuantos días de incapacidad paga la empresa no es suficiente. Debes evitar estos errores frecuentes:
Error #1: Pagar Menos del 66.67% en los Primeros 2 Días
Muchas empresas descuentan completamente los días de incapacidad del salario. Esto es ilegal. La empresa debe pagar los primeros 2 días, incluso si luego los descuenta parcialmente.
Error #2: No Radicar la Incapacidad a Tiempo ante la EPS
Si no radicas la incapacidad dentro de los 15 días hábiles, la EPS puede rechazar el reconocimiento y la empresa deberá asumir el costo total de todos los días de incapacidad.
Error #3: Confundir Origen Común con Origen Laboral
Si un accidente ocurre en el trabajo pero lo registras como origen común, pagarás los 2 primeros días que no te corresponden. Clasifica correctamente cada caso.
Error #4: No Validar Incapacidades de Médicos Externos
Si la incapacidad fue expedida por un médico NO adscrito a la red de la EPS del trabajador, debes realizar el proceso de validación establecido por el Ministerio de Salud dentro de los 15 días. Sin validación, la EPS puede rechazar el pago.
Error #5: No Continuar Pagando Aportes a Seguridad Social
Durante la incapacidad, la empresa debe seguir pagando aportes a salud y pensión, usando como base el valor de la incapacidad, no el salario completo. El Ministerio del Trabajo establece claramente las obligaciones del empleador durante estos períodos.
Error #6: Desconocer el Piso Mínimo del Salario Mínimo
Aunque el cálculo dé un resultado inferior, siempre debes garantizar que el pago no sea menor al salario mínimo diario vigente.
Casos Especiales: ¿Cuántos Días de Incapacidad Paga la Empresa?
Incapacidades de 1 o 2 Días
Si la incapacidad es de 1 o 2 días, la empresa paga la totalidad. La EPS no paga incapacidades de 1 o 2 días porque su obligación inicia desde el tercer día.
Incapacidades por Hospitalización
Las incapacidades de origen común que requieren hospitalización se pagan desde el primer día por la EPS, NO por la empresa. Esto está establecido en el Decreto 2943 de 2013.
Trabajadores Independientes o con Contrato de Prestación de Servicios
Los independientes deben asumir por su cuenta los primeros 2 días de incapacidad. Si la incapacidad supera los 2 días, pueden solicitar el reconocimiento directamente a su EPS. Para más información sobre este proceso, consulta la guía de afiliación para trabajadores independientes del Ministerio de Salud.
Incapacidades Superiores a 180 Días
A partir del día 181:
- El Fondo de Pensiones asume el pago al 50% del salario
- Requiere concepto favorable de rehabilitación de la EPS
- La empresa ya NO paga ni adelanta dinero
Para conocer más sobre este proceso de transición, revisa la normativa sobre incapacidades prolongadas y pensiones de invalidez establecida en la Ley 100 de 1993.
Trabajadores No Afiliados a Seguridad Social
Si el trabajador NO está afiliado por culpa del empleador, la empresa debe asumir el 100% del costo de toda la incapacidad, sin importar cuántos días dure. Esta es una sanción grave por incumplimiento.
¿Cuándo Conviene Delegar la Gestión de Incapacidades a un Tercero?
Aunque ahora sabes cuantos días de incapacidad paga la empresa, gestionar todo el proceso puede ser complejo y consume tiempo valioso. Muchas empresas pequeñas y medianas cometen errores que terminan costándoles dinero.
Señales de que Necesitas Ayuda Profesional:
- Tiempo: Tu equipo de RRHH pasa más de 5 horas mensuales gestionando incapacidades
- Errores frecuentes: Has recibido rechazos de la EPS por documentación incorrecta o extemporánea
- Desconocimiento normativo: No tienes claridad sobre plazos, porcentajes y procedimientos
- Pérdida de reembolsos: La EPS te ha negado reembolsos por errores en la radicación
- Riesgo de sanciones: Temes recibir multas del Ministerio de Trabajo por incumplimiento
- Crecimiento de la empresa: Tienes cada vez más empleados y la carga administrativa aumenta
Beneficios de Contratar un Servicio Especializado:
- Ahorro de tiempo: Tu equipo se enfoca en actividades estratégicas del negocio
- Cumplimiento garantizado: Expertos manejan plazos, validaciones y radicaciones
- Recuperación de reembolsos: Gestión profesional para cobrar a EPS y ARL sin rechazos
- Reducción de errores: Cálculos correctos y documentación completa desde el inicio
- Tranquilidad legal: Evitas sanciones y problemas con autoridades laborales
- Asesoría permanente: Respuestas inmediatas a dudas sobre casos especiales
En lugar de preguntarte constantemente cuantos días de incapacidad paga la empresa y preocuparte por cada detalle, puedes contar con un aliado que se encarga de todo el proceso por ti.
Costos, Tiempos y Requisitos para Gestionar Incapacidades.
Documentos que Necesitas
Para gestionar correctamente el pago de los días que corresponden a la empresa, requieres:
- Certificado de incapacidad original expedido por médico de la EPS
- Documento de identidad del trabajador
- Afiliación vigente a la EPS (verificar que no haya suspensión por mora)
- Epicrisis o resumen de atención (si aplica)
- Comprobante de pago de la nómina donde se incluyan los 2 días
Tiempos del Proceso
- Radicación ante EPS: Dentro de 15 días hábiles desde la expedición
- Respuesta de la EPS: 15 días hábiles para reconocimiento
- Pago al trabajador: Incluir en la nómina del período correspondiente
- Solicitud de reembolso: Se puede hacer hasta 3 años después del pago
Consecuencias de No Cumplir
Si no pagas los 2 días que corresponden o no gestionas correctamente:
- Multas del Ministerio de Trabajo: Hasta 500 salarios mínimos mensuales según normativa laboral vigente
- Demandas laborales: El trabajador puede exigir pago retroactivo con intereses
- Pérdida del derecho a reembolso: Si no radicas a tiempo, asumes costos de la EPS
- Daño reputacional: Afecta la imagen de tu empresa ante empleados actuales y potenciales
Cómo Evitar Problemas con el Pago de Incapacidades.
Para que nunca tengas dudas sobre cuantos días de incapacidad paga la empresa y gestiones todo correctamente:
Checklist de Buenas Prácticas:
- Crea un protocolo interno documentado sobre cómo manejar incapacidades desde el reporte hasta el reembolso
- Capacita a tu equipo de RRHH sobre normatividad vigente y actualiza sus conocimientos anualmente. Puedes consultar las guías y recursos del Ministerio del Trabajo para mantenerte al día
- Implementa un software de nómina que calcule automáticamente porcentajes y fechas
- Mantén un calendario de plazos para radicación de incapacidades y solicitudes de reembolso
- Verifica la afiliación de los trabajadores mensualmente para evitar suspensiones por mora. Usa el portal FOSYGA o ADRES para confirmar el estado de afiliación en tiempo real
- Documenta TODO: guarda copias de certificados, radicaciones y respuestas de la EPS
- Establece un canal de comunicación claro para que los empleados reporten incapacidades inmediatamente
- Realiza auditorías trimestrales de las incapacidades pagadas vs. los reembolsos recibidos
- Consulta con expertos ante casos especiales o dudas sobre normatividad
Gestiona las Incapacidades con Confianza.
Saber cuantos días de incapacidad paga la empresa es solo el primer paso. La gestión completa del proceso requiere conocimiento actualizado, atención a plazos y documentación precisa. Los errores pueden costarte tiempo, dinero y problemas legales.
Recuerda los puntos clave:
- La empresa paga únicamente los primeros 2 días de incapacidad de origen común
- El pago debe ser del 66.67% del salario (mínimo salario mínimo diario)
- En incapacidades laborales, la ARL paga desde el día 1 al 100%
- Debes radicar ante la EPS dentro de 15 días hábiles
- El derecho a reembolso prescribe en 3 años
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- Cumplimiento 100% con la normatividad vigente
- Radicación oportuna de todas las incapacidades ante EPS y ARL
- Recuperación máxima de reembolsos sin rechazos
- Asesoría permanente vía WhatsApp para resolver dudas
- Reportes mensuales detallados de todas las gestiones
Ya no tendrás que preguntarte cuantos días de incapacidad paga la empresa ni preocuparte por plazos y porcentajes. Nosotros nos encargamos por ti.
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Preguntas Frecuentes (FAQ)
¿La empresa puede pagar el 100% de los 2 primeros días en lugar del 66.67%?
Sí, la empresa puede pagar el 100% de los dos primeros días de incapacidad, aunque no está legalmente obligada. Según el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo, la normativa establece que los primeros dos días deben pagarse al 66.67% del salario, pero muchas empresas optan por pagar el 100% como una política de bienestar laboral.
Esto se considera un beneficio adicional para el trabajador y no contradice la legislación colombiana, simplemente representa una mejora en las condiciones establecidas por ley que puede implementarse por liberalidad del empleador.
¿Qué pasa si la incapacidad es de 3 días continuos?
Cuando la incapacidad es de tres días continuos de origen común, el empleador debe pagar los dos primeros días al 66.67% (o al 100% si así lo decide), mientras que la EPS asume el pago del tercer día al 66.67% del salario.
El empleador paga inicialmente al trabajador y luego gestiona el reembolso del tercer día ante la EPS. Es importante que el empleador tramite la transcripción de la incapacidad dentro de los 30 días calendario siguientes a su expedición para poder recobrar el pago correspondiente.
¿La empresa debe pagar aportes a seguridad social durante la incapacidad?
Sí, la empresa debe continuar pagando aportes a seguridad social durante el periodo de incapacidad. Según el artículo 40 del Decreto 1406 de 1999, durante los periodos de incapacidad por riesgo común existe obligación de pagar aportes a salud y pensión, calculados sobre el valor de la incapacidad como ingreso base de cotización.
Sin embargo, no se pagan aportes a la ARL durante la incapacidad, ya que el trabajador no está desarrollando actividades laborales que generen riesgo laboral y no está expuesto a contingencias propias del trabajo.
¿Se pagan aportes parafiscales (SENA, ICBF, Caja de Compensación) sobre incapacidades?
No, no se pagan aportes parafiscales sobre el auxilio por incapacidad. El artículo 17 de la Ley 21 de 1982 establece que los aportes parafiscales se liquidan sobre la nómina mensual por salarios, y el auxilio por incapacidad no constituye salario sino una prestación económica.
Por lo tanto, no hay obligación de liquidar ni pagar SENA, ICBF ni aportes a la Caja de Compensación sobre estos pagos, lo que reduce la carga prestacional del empleador durante el periodo de incapacidad del trabajador.
¿Puedo despedir a un trabajador que tiene muchas incapacidades?
Despedir a un trabajador por tener muchas incapacidades es riesgoso y puede considerarse discriminatorio. El numeral 15 del artículo 62 del Código Sustantivo del Trabajo establece como justa causa la incapacidad que supere 180 días continuos por enfermedad no profesional, pero incluso en este caso se requiere autorización previa del Ministerio del Trabajo para evitar que el despido sea considerado ineficaz.
Si el trabajador tiene estabilidad laboral reforzada por salud, el despido sin autorización puede generar reintegro y una indemnización de hasta 180 días de salario, además de los salarios dejados de percibir.
¿Qué hago si la EPS rechaza mi solicitud de reembolso?
Si la EPS rechaza la solicitud de reembolso, el empleador debe verificar primero que cumplió con el proceso de transcripción o validación de la incapacidad dentro de los plazos establecidos. Los motivos más comunes de rechazo incluyen falta de validación oportuna, mora en el pago de aportes o incapacidades mayores a 540 días sin seguimiento adecuado.
El empleador tiene derecho a reclamar el reembolso hasta por tres años desde la fecha del pago al trabajador. Si la EPS persiste en el rechazo sin justificación válida, se puede acudir a la Superintendencia Nacional de Salud para presentar una queja formal.
¿Qué ocurre si mi empleado cambia de EPS durante una incapacidad?
Cuando un empleado cambia de EPS durante una incapacidad, la EPS anterior mantiene la responsabilidad del pago de los días de incapacidad que se generaron mientras el trabajador estuvo afiliado a ella. El empleador debe gestionar el reembolso con la EPS que estaba vigente al momento de iniciar la incapacidad.
Para las prórrogas de incapacidad por el mismo diagnóstico, si no han transcurrido más de 30 días calendario entre una y otra, la continuidad se mantiene con la EPS que inició el trámite, garantizando así la continuidad en el proceso de reconocimiento de la prestación económica.
¿Las incapacidades afectan el cálculo de prestaciones sociales?
No, las incapacidades no afectan el cálculo de prestaciones sociales. El artículo 51 del Código Sustantivo del Trabajo establece que las incapacidades no suspenden el contrato de trabajo, por lo tanto el trabajador mantiene su derecho a prima de servicios, cesantías e intereses sobre cesantías. Los días de incapacidad no se descuentan para calcular el tiempo laborado.
Las prestaciones se liquidan con base en el último salario devengado antes de la incapacidad, no sobre el auxilio económico. La única excepción es para incapacidades superiores a 180 días, donde no se reconoce la prima de servicios ni las vacaciones, aunque sí se continúan pagando cesantías e intereses.
¿Debo pagar los 2 días si la incapacidad fue por tratamiento estético?
No, el empleador no está obligado a pagar los dos primeros días si la incapacidad fue por tratamiento estético. El artículo 2.2.3.4.3 del Decreto 780 de 2016 establece que no se reconocen prestaciones económicas cuando la incapacidad se origina en tratamientos con fines estéticos. En estos casos, la EPS tampoco está obligada a pagar y el trabajador debe solicitar vacaciones o licencia no remunerada.
La única excepción son las cirugías funcionales con orden médica que tienen propósitos reconstructivos o de bienestar físico y psicológico debidamente justificados, las cuales sí están cubiertas por el sistema de salud y generan derecho a incapacidad remunerada.
